杨振东收复两城后，甚为得意，一面出榜安民，一面向孙联帅告捷。是日，当地士绅摆队相迎。孙传芳发电嘉奖。杨兴高采烈之际，北伐军内应点火为号，打开城门，立时城内外杀声四起，杨正吸鸦片，知道有变，急带卫队外逃，然城中已大乱，杨过护城河时跌入河中，幸为卫兵救起，方逃得性命。而后收拾残部，不敢再战。接着，北伐军又全歼赵国荫一个旅，而后，程潜挥师直指南昌。
南昌为赣省省城，战略位置十分重要，时守卫的敌军仅有两个连的宪兵，连同警察在内，不过600余人。程潜遂下令攻城，城内敌军寡不敌众。六军所部又在工人、学生和江西督署警备队的配合下，不到两个小时，敌兵举白旗投降。9月19日，北伐军入城，占领督署，收缴枪械，出榜安民。此为第一次攻占南昌。
南昌为六军所克，蒋氏心中却老大不快，本当发贺电，蒋氏却没让发，其何以如此？其原由有三：一是六军军长程潜在国民党内资历比蒋氏老，声望比蒋氏高；二是六军中中坚力量皆为共产党员；三是蒋氏早已默许攻下南昌后由朱培德任赣省主席。因此蒋氏不发贺电，且不发援兵，结果使六军陷于孤军入城。孙传芳看到这个破绽，遂集中南昌附近之兵力，乘虚反攻。程乃忠厚之人，丝毫没有看到蒋氏之用心。